Tout commence avec un pape gascon et un conflit de voisinage. En janvier 1310, Clément V le premier pape d’Avignon, natif du Bordelais accorde aux ermites de saint Augustin l’autorisation de s’établir à l’intérieur des murs de Toulouse, dans le quartier de la cité, le plus peuplé de la ville. L’emplacement est convoité : il se trouve sur le territoire de la paroisse Saint-Étienne, et les chanoines ne voient pas d’un bon œil l’arrivée d’un ordre mendiant concurrent, dépendant de la charité publique. S’ensuit un procès de dix-sept ans, réglé à prix d’or : 3 500 livres tournois et une rente annuelle de 2 florins versée à perpétuité. Les moines, loin de se décourager, confient la construction à Jean de Lobres, le maître d’œuvre de la cathédrale Saint-Étienne. Dès 1341, le couvent est suffisamment avancé pour accueillir une assemblée générale de l’ordre.
Ce qui s’élève alors est un chef-d’œuvre du gothique méridional ce style propre au midi de la France qui se reconnaît à sa nef unique et large, sans transept ni bas-côtés, à ses chapelles latérales entre les contreforts et à son chevet voûté en étoile. La brique rose de Toulouse donne aux murs une chaleur que le gothique du Nord ne connaît pas. Le grand cloître, achevé à la fin du XIVe siècle, est l’un des plus beaux du Sud-Ouest. Le couvent héberge jusqu’à deux cents moines aux XIVe et XVe siècles. En 1463, l’incendie catastrophique parti d’une boulangerie du quartier des Carmes ravage deux tiers de la ville pendant quinze jours — les toits du couvent s’effondrent. La reconstruction prend trente ans. En 1542, nouvelle catastrophe : dans un climat de tensions religieuses, le couvent est mis à sac, sa bibliothèque pillée, ses archives en partie perdues, ses objets précieux disparus à jamais.
La Révolution change tout. En 1789, le couvent devient bien national. En décembre 1793, le conseil du département de Haute-Garonne arrête la création d’un « Muséum du Midi de la République » destiné à rassembler les œuvres saisies dans les églises et monastères de la région. C’est l’église des Augustins qui est choisie pour les accueillir : le musée ouvre en 1795, l’un des tout premiers créés en France, juste après le Louvre. Napoléon passe à Toulouse en 1808 et confirme la cession du couvent à la ville à des fins muséologiques. Il fait ensuite envoyer des chefs-d’œuvre depuis Paris : en 1803, le Saint Jean et saint Augustin du Pérugin, Le Christ en Croix de Rubens, Apollon écorchant Marsyas de Guido Reni — une grande partie provenant des saisies réalisées dans les pays occupés par l’armée française. En 1812, trente nouveaux tableaux arrivent, dont une Réception du duc de Longueville dans l’ordre du Saint-Esprit de Philippe de Champaigne.
La collection de sculptures médiévales est aujourd’hui l’une des plus remarquables de France. Le musée conserve notamment des chapiteaux du XIIe siècle attribués au style de Gilabertus, maître de la sculpture toulousaine dont La Mort de saint Jean-Baptiste et des sculptures issues de la chapelle de Rieux, construite vers 1340 au couvent des Cordeliers. Les gargouilles de ce même couvent ornent le cloître. Le jardin, remanié en jardin d’inspiration médiévale en 1995, est composé de 112 espèces réparties selon le plan de l’abbaye de Saint-Gall : fleurs pour les autels, plantes médicinales, légumes et arbres fruitiers — un document vivant sur la vie monastique médiévale.
Après six années de travaux de restauration structurelle, le musée a rouvert ses portes le 19 décembre 2025 avec un nouveau parcours de visite immersif. L’église et ses espaces gothiques viendront progressivement enrichir la visite en 2026. Les tarifs et horaires sont disponibles sur le site du musée. L’entrée est gratuite le premier dimanche de chaque mois.